Los libros que conforman la Biblioteca Francisco de Burgoa fueron parte de las colecciones frailunas de Antequera del Valle, que, con las leyes de nacionalización de bienes aplicadas en 1859, pasaron a manos del gobierno estatal, quien las depositó en la biblioteca del Instituto de Ciencias y Artes del Estado de Oaxaca.

En 1955, el Instituto de Ciencias y Artes del Estado de Oaxaca se convirtió en la Universidad Benito Juárez de Oaxaca (UABJO). Con este cambio, el fondo de libros antiguos pasó a formar parte del patrimonio de esta institución de educación superior y fue depositado en la que sería la Facultad de Arquitectura 5 de Mayo.

Posteriormente, los libros fueron trasladados a la Biblioteca General José Vasconcelos, también perteneciente a la universidad. Ahí, las obras permanecieron en condiciones poco favorables. En 1994 comenzó la catalogación del fondo bibliográfico de la UABJO, especialmente el acervo antiguo, que comprende los libros procedentes de los conventos y los que usaron los estudiantes del Instituto de Ciencias y Artes del Estado de Oaxaca a mediados del siglo XIX.

Al realizar los trabajos de limpieza general de los ejemplares se registró la existencia de incunables, es decir, libros impresos en el siglo XV; una biblia políglota en ocho tomos, escrita en latín, griego, siriaco y hebreo, impresa por Cristóbal Plantino; una obra de fray Alonso de la Veracruz salida del taller de Juan Pablos, el primer impresor que llegó a la Nueva España durante el siglo XVI; ejemplares con grabados de Juan de Valdés Leal, la Historia natural de Buffon, además doctrinas escritas en náhuatl, mixteco, zapoteco y ayuuk, y, por supuesto, obras del dominico Francisco de Burgoa.

Tiempo después, el Instituto de Nacional de Antropología e Historia (INAH) intervino para asignar un espacio específico los fondos frailunos y del ICAEO. Entonces se decidió por el ex convento de Santo Domingo de Oaxaca. Para adecuar el lugar participó Fomento Social Banamex, quien donó la estantería de cedro rojo, realizada por el taller del ebanista oaxaqueño Fernando Hernández. El acervo, de alrededor de 24 mil ejemplares, fue colocado en su repositorio actual en 1994 y en 1996 fue inaugurado bajo el nombre de Biblioteca Francisco de Burgoa.

Desde entonces y hasta la fecha, la Biblioteca Burgoa ha sido imprescindible para las investigaciones relacionadas con la historia y el arte de Oaxaca, por ello, no es extraño que en 2018 fuera reconocida como Memoria del Mundo de México por la Unesco.