Conserva los libros que pertenecieron a la biblioteca del Instituto de Ciencias y Artes, que fue creado en el año de 1826. Los volúmenes tratan sobre medicina, geografía, lenguas, tipografía y otros. Además de colecciones que fueron donadas por ex estudiantes del instituto e intelectuales de la época.

Matías Romero
En 1884, Matías Romero donó gran parte de su colección al ICAEO como una forma de retribución por los conocimientos adquiridos en la institución.

Aurelio Valdivieso
Está conformado por los libros que donó Aurelio Valdivieso en la segunda década del siglo XX. Se trata de ejemplares que datan de finales del siglo XIX y principios del XX. Los temas son diversos: historia, derecho y literatura, entre otros.

Benito Juárez Maza
En 1912, el entonces gobernador Benito Juárez Maza, durante una inspección a la biblioteca del ICAEO, pidió una serie numérica para colocarla en el lomo de sus libros y de su padre, que estaba a punto de donar al Instituto. Así iniciaba el proceso con el que Juárez Maza legaría su acervo y el de su padre, el expresidente Benito Juárez García. Por desgracia, el mandatario estatal no vio cumplido su deseo pues falleció en abril de ese mismo año. No fue sino hasta 1920, cuando la viuda de Juárez Maza, María Klerian, hizo efectiva la donación, que quedó a cargo de Miguel Martínez, Francisco Eustaquio Vásquez y el doctor José Mayoral.

Manuel Brioso y Candiani
Está conformado por las obras pertenecientes al escritor y político Manuel Brioso y Candiani, quien en 1909 se comprometió a que su colección bibliográfica y de diarios oaxaqueños pasara a formar parte del acervo del ICAEO tras su muerte, acaecida en 1945. La donación se hizo efectiva en 1948.

Biblioteca Estudiantil
Fue inaugurada en un primer momento en el año de 1912, reinaugurada dos veces, en 1927 y 1941.  Los libros de la biblioteca estudiantil, fueron obras dedicadas exclusivamente a los alumnos del instituto que no tenía recursos para comprar libros de textos en esos años. En proceso de catalogación. 

Jorge Fernando Iturribarria
Lo constituye la colección bibliográfica y las propias obras del notario oaxaqueño Jorge F. Iturribarria. En proceso de catalogación.