Dirección
Es la titular de la biblioteca sus actividades consisten en dirigir al personal de la institución y desarrollar proyectos que conserven y difundan el acervo.
Coordinación administrativa
Dirige al personal de la biblioteca y se encarga de funciones administrativas, gestión de proyectos e investigación histórica.
Coordinación de acervos
Es la responsable del acervo de la biblioteca, de organizar exposiciones y de supervisar el programa de servicio social.
Departamento bibliográfico y atención a usuarios
Es el personal encargado de la catalogación del acervo y de atender las solicitudes de los usuarios.
Área de restauración
Se encarga de tratar los ejemplares de la biblioteca que este en mal estado, pero también da servicio gratuito a los pueblos de Oaxaca que necesiten restaurar manuscritos, lienzos y mapas. Así, se solicita a la comunidad permita a la biblioteca Burgoa resguardar un registro fotográfico de los documentos restaurados.
Área de encuadernación
Se enfoca en conservar las cubiertas y costuras originales de los ejemplares del acervo. Si las costuras están muy dañadas se sustituyen con hilos siguiendo el patrón original. Además, se ofrece capacitación al personal de otras bibliotecas para atender sus propios libros.
Área de reprografía y acervo digital
La principal función es la preservación del acervo a través de la digitalización, especialmente de impresos y manuscritos dañados o con alta demanda de consulta. Con la versión digital se evita la manipulación constante de los ejemplares. El departamento trabaja en conjunto con las demás áreas de la biblioteca, especialmente con los departamentos bibliográfico y de conservación.
Servicios generales
Se encargan de que el recinto y los libros estén limpios. El aseo constante de las salas y acervo nos ayuda a prevenir la existencia de fauna nociva para la colección