En el año de 1826, el gobernador José Ignacio de Morales decretó la creación del Instituto de Ciencias y Artes del Estado de Oaxaca (ICAEO). Formalmente, el Instituto comenzó a funcionar el 8 de enero de 1827. En ese tiempo nadie imaginaba que de las aulas del Instituto surgirían notables políticos, entre ellos Matías Romero, Manuel Dublán y los presidentes Benito Juárez García y Porfirio Díaz Mori.
El decreto de creación del Instituto establecía derechos y obligaciones tanto para maestros como para alumnos, y ordenaba el establecimiento de una biblioteca, cuyo acervo “contaría con las obras más selectas sobre ciencias y artes”. Y en efecto, la creación de la biblioteca y su primer reglamento fue publicado el 27 de junio de 1827, en el que se advertía: “La biblioteca del Instituto es pública”.
La biblioteca pública del instituto enriqueció su acervo con la compra de libros y donaciones de algunos profesores. A mediados del siglo XIX, con las llamadas “leyes de manos muertas”, no sólo los edificios eclesiásticos fueron afectados por la desamortización, sino también las colecciones de libros y manuscritos de las órdenes religiosas. En el periódico oaxaqueño La Democracia se publicó el decreto que ordenaba que “los libros, impresos, manuscritos, pinturas, antigüedades y demás objetos pertenecientes a las comunidades religiosas suprimidas se aplicarán a los museos, liceos y bibliotecas y otros establecimientos públicos. En Oaxaca, la única biblioteca pública, subsidiada por el Gobierno del Estado, era la del Instituto de Ciencias y Artes. Por ello, en 1859, el juez de distrito, Félix Romero, supervisó que el acervo bibliográfico de los dominicos fuera trasladado a los estantes de la biblioteca del ICAEO.
Así iniciaba el proceso con el que los libros de los frailes dominicos, agustinos, franciscanos y mercedarios terminaron por enriquecer el acervo de la Biblioteca Pública del Estado, en otras palabras, la biblioteca del Instituto.
En este contexto, el edificio del Colegio Seminario de la Santa Cruz fue requisado para convertirse en sede del Instituto, que hasta entonces había usaba el convento de San Pablo. Pronto, el que fuera colegio de clérigos debió ser adaptado para las necesidades del Instituto de Ciencias y Artes de Oaxaca. Ahí fueron trasladados los libros que pertenecieron a las órdenes y que a partir de ese momento formaron parte del instituto.
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