Fondo Moderno
Son libros donados por autores que han escrito acerca de la historia de Oaxaca. En esta misma colección podemos encontrar las tesis de todos aquellos investigadores que para sus trabajos de posgrado consultaron el acervo de la biblioteca Burgoa. Los temas que podemos encontrar van desde historia de Oaxaca hasta arte del siglo XX.
Biblioteca Infantil
En 1951 se creó en Oaxaca la Biblioteca Infantil, una de las primeras de su tipo en México. Se trató del primer acervo con obras para niños de entre 6 y 15 años. En la actualidad, el fondo consta de 158 títulos, la mayoría de editoriales argentinas.